במסגרת החומרים שמסר רב פקד ערן מלכה בהסכם עד המדינה ושהגיעו לידי וואלה!NEWS, עולה כי בחקירה שניהל בשנת 2005 עלו חשדות נגד הרב יאשיהו פינטו, אולם תת-ניצב אפרים ברכה, שעמד אז בראש צוות חקירה מיוחד, סירב לחקור אותן. ברכה היה באותה תקופה מקורב לרב פינטו ולבסוף אף תיעד אותו מציע לו שוחד, אישום שבגינו נגזר על פינטו עונש מאסר. טרם התקבלה תגובה מאגף החקירות במשטרה.