בכיר נוסף בלשכת נתניהו עוזב את תפקידו: ראש הסגל במשרד ראש הממשלה, גיל שפר, הודיע כי יסיים את תפקידו בסוף חודש יולי בשל "תחושת מיצוי". עם זאת, על פי דיווח בחדשות ערוץ 2, פרישתו של שפר מגיעה על רקע תלונה שהגישה נגדו אישה בשנה שעברה, בטרם מונה לתפקיד, על תקיפה מינית שביצע בה, לכאורה, לפני 15 שנים. שפר הכחיש את טענות האישה, עבר בדיקת אמת במכונת פוליגרף ונמצא דובר אמת. היועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, החליט שאין מקום לפתוח בחקירה פלילית מחמת התיישנות שחלה על העבירה. בנוסף, הוא קבע שאין מניעה ששפר יכהן כראש הסגל. החומר בעניינו הועבר גם לידיעת ראש הממשלה, בנימין נתניהו.
כמו כן, לוואלה! חדשות נודע כי המתלוננת נגד שפר אמרה לאחר הגשת התלונה כי "אזרה אומץ" להתלונן לאחר 14 שנים, בין השאר בעקבות הדיווחים בתקשורת על פרישתו של קודמו של שפר בתפקיד, נתן אשל, לאחר שהתברר כי צילם צילומים אינטימיים של עובדת בלשכה באמצעות הטלפון הסלולרי שלו. המתלוננת אף טענה כי המעשה שלדבריה ביצע שפר, חמור יותר ממעשיו של נתן אשל.
הפרשה החלה בחודש פברואר של השנה שעברה, בעת ששפר כיהן כממלא מקום ראש הסגל. אז, התקבל מידע במשרד המשפטים על אישה שטענה כי שפר ביצע בה את המעשים המדוברים. בעקבות התלונה הורה היועץ המשפטי וינשטיין לפתוח בבדיקה פלילית בעניין, בידי משטרת ישראל. במהלך הבדיקה נגבתה הודאה מן האישה, וכן מעדים נוספים.
בנוסף, נגבתה עדות משפר עצמו, שהכחיש כל גילוי אלימות מצדו נגד המתלוננת. בתום הבדיקה, לא מצא היועץ, לאחר התייעצות עם המשטרה ועם פרקליטות המדינה, מקום להמשך טיפול בעניין באפיקים פליליים או לביצוען של פעולות חקירה נוספות. זאת, משום שלדעתו עלה מהבדיקה בוודאות שעל האירוע חלה התיישנות.
עם זאת, סבר היועץ כי ראוי שחומר הבדיקה יונח בפני ראש הממשלה נתניהו טרם יקבל ההחלטה בעניין מינויו של שפר. בהתאם, העביר היועץ לראש הממשלה את חומר הבדיקה במלואו. יצויין, כי החומר שנאסף אודות מעשיו, לכאורה, של שפר, התייחס לתלונה בנוגע לאירוע שארע שנים רבות לפני שהפך להיות עובד מדינה. לפיכך, על דעת נציבות שירות המדינה, נמצא כי אין מקום להליך משמעתי.
"מדובר בטענת שווא"
גיל שפר מסר באמצעות לשכת ראש הממשלה כי "מדובר בטענת שווא חסרת כל בסיס מלפני 15 שנה בתקופת רווקותו. התלונה חסרת בסיס וההוכחה לכך היא שהמשטרה סגרה את התיק אחרי ששפר נמצא דובר אמת בשלוש בדיקות פוליגרף שונות: של השב?כ, של המשטרה ובדיקה פרטית. בנוסף, קבע היועץ המשפטי לממשלה שאין כל מניעה להמשך העסקתו של שפר. אחרי יותר מארבע שנים וקדנציה שלמה צפוי שפר לסיים בחודשים הקרובים כמתוכנן את תפקידו, כפי שסיכם מראש עם ראש הממשלה וללא כל קשר לתלונת השווא משנת 1998".
לפני כשנה וחצי התפטר מתפקידו קודמו של שפר בתפקיד, נתן אשל, עקב חשדות לפיהן הטריד מינית את ר', עובדת בלשכת ראש הממשלה. הפרשה החלה עקב תלונה שהגישו שלושה בכירים בלשכת נתניהו: מזכיר הממשלה צבי האוזר, ראש מערך ההסברה הלאומי יועז הנדל והמזכיר הצבאי יוחנן לוקר, ליועץ המשפטי וינשטיין. בעקבות חקירה בנציבות שירות המדינה הוסכם על עסקת טיעון, במסגרתה הודה אשל שצילם את ר' ב"צילום לא מקובל", נכנס למחשב שלה שלא בידיעתה ומסר מידע הנוגע לה לגורמים שונים בלשכה. בנוסף, התפטר אשל מתפקידו והוא התחייב שלא לעבוד יותר בשירות המדינה.
